На первом скрине не исполняемая папка, а симлинк, смотрящий в раздел /mnt/upload. Зелёный фон говорит о том, что симлинк имеет доступ к этому разделу. Скажем, если бы раздел был бы замонтирован с правами 700, фон был бы красным..
На втором скрине upload это обычный каталог. Его нужно удалить и создать симлинк командой, которую привёл
Талян. Подозреваю, что лучше бы это сделать от имени пользователя bitrix, но это уже вопрос из темы настройки самого проекта.
Ну и да.. Содержимое в каталоге upload, если оно есть, нужно перенести в /mnt/upload.