Такое окно выпадает, если раскладку менять по умолчанию через Ctrl( или Alt) + Space. Если установить Tweak и там поменять переключение раскладки на нужную, то окно выскакивать не будет, только сверху будут меняться буквы ru на en.
Avocode не визуальная верстка, а программа для ускорения верстки, но все же есть похожий инструмент. Называется Marsy https://vk.com/markupeasy Функционал не такой большой, но он ещё только начал развиваться.
Надо установить gnome-tweaks: sudo apt-get install gnome-tweak-tool
Далее вызываете gnome-tweaks, с левой стороны выбираете "Клавиатура и мышь".
Под "Комбинация клавиш ... " есть кнопка "Дополнительные параметры раскладки" нажимаете и в окне выбираете "Переключение на другую раскладку". Там можно выбрать любую комбинацию от Alt+Shift и т.д.
Причина ваших проблем - windows 10, который по собственной инициативе восстанавливает загрузочный сектор
Загрузчик windows должен быть установлен на 1тб диске, а grub на 250гб, в кчестве бонуса вы можете использовать выбор загрузочного диска BIOS (по F11 или F12)
