Генерируется случайный ключ шифрования для диска. Сам этот ключ шифруется парольной фразой и в зашифрованном виде хранится в заголовке LUKS-раздела.
Таким образом реализована возможность расшифровки диска разными паролями (например у каждого пользователя свой пароль). На каждый пароль хранится ключ (один для всех паролей), зашифрованный этим паролем. Всего по моему 8 записей может быть. Что бы удалить пароль, достаточно убрать запись с шифрованным ключом.
Есть цепочка зависимостей A -> B -> C
Вы удалили элемент B, вместе с ним вы удалили C, т.к. он не может работать без своей зависимости.
Затем вы удалили неиспользуемые элементы (от которых никто не зависит), в нашем случае это A.
Решили починить всё, и вернули обратно B. За ним подтянулся элемент A. Но C не поставился, т.к. он не нужен для работы B.
Итого: скорее всего вы снесли части графического окружения и драйверы. Попробуйте поставить xubuntu-desktop и драйвер для вашей видеокарты (если используете пропиретарный).
Если вы не можете консоль запустить из-за поломанной оболочки, ну загрузитесь с LiveCD, и от туда почините. Второй год пользуетесь, и такие вопросы задаёте.