freizis

waitForTransition: false, возможно поможет

.container > * {
overflow: auto;
}
.a {
background: black;
height: 100px;
}
.b {
background: yellow;
height: 100px;
position: relative;
}
.el {
width: 100%;
height: 100px;
position: inherit;
bottom: 0;
right: 0;
background: red;
}

А что если просто задать ей изменение высоты media запросами, я считаю это вполне адекватный вариант.