InnoDB является движком по умолчанию в MySQL последних версий, а MyISAM остался только для совместимости. Поэтому лучше использовать InnoDB.
Важный момент про InnoDB - его ни в коем случае нельзя бекапить копируя структуру базы, как это многие делают в MyISAM. InnoDB бекапится только через дамп базы данных mysqldump. Поскольку по ресурсам это затратней и во время бекапа база может тормозить, для крупных проектов стоит сразу поднять slave и делать резервную копию с него.