freeExec

Сделать своё приложение настроек. А в юнити передавать все эти настройки через командную строку.

Json - это текст, он не сортируется.
Json нужно преобразовать в объект (модель данных). Но и там сортировать можно только списки, а у вас не списки.
Смотрите всякие SimpleJson, Newtonsoft и прочие.

У любой dll есть событие, что она загружена. Вот в нем и проверяете, что да как, и если что не так, себя выгружаете.

Почему не база данных, можно как и в базе данных:

using System.Linq;

var list = new List<int>() { 1, 5, 5, 4, 7, 5 };
var gr = list.GroupBy(e => e);
foreach (var line in gr)
{
    Console.WriteLine("{0} => {1}", line.Key, line.Count());
}

Если SQLiteCommand не умеет в асинхронные методы чтения (что очень странно), то заворачивать данную логику в Task.

Воспользуйтесь готовыми хеш функциям, например: https://docs.microsoft.com/ru-ru/dotnet/api/system...

Шок, сенсация, в 11 строке Console почему-то существует.

Нет никакой возможности делать это в отдельном потоке?

Есть, используйте методы Socket.Begin***

еxe на другом ПК должен создать тот же ZIP-файл.

Сделайте самораспоковывающийся архив в каком-нибудь архиваторе.

GeometryUtility.TestPlanesAABB

string line = File.ReadLines("file.txt").First();

И вы читаете все 600Мб в память.
Ну и в многопотоке это будет работать только с блокировкой файла на время перезаписи. При таком размере это выльется в существенный лаг. На вашем месте я бы пересмотрел концепцию.
А так: ищите первый символ конца строки, запоминаете позицию. Зачет читаете кусок после неё и записываете в начало файла, читаете дальше и дописываете после первого блока и так до конца. В конце уже обрезаете размер файла под новый размер.