freeExec

Нет никакого динамического или статического добавления меток. Есть просто метод добавляющий маркер, как ты его используешь карте по барабану.
А чтобы удалить метку тебе нужен объект этой метки. Либо ты его хранишь в переменных, либо по ID или ещё какому атрибуту находишь на карте среди всех меток и потом передаёшь этот объект на удаление.

https://yandex.ru/dev/maps/jsbox/2.1/delivery_zones

Если у вас geojson то вы просто формируете правильные поля, чтобы они автоматом подтянулись для иконок, балунов и прочего.
Либо итерируете свой json по записям и в коде формируете метки и добавляете их на карту.
В чём тут сложность не понятно. Примеров у них в песочнице полно.