fred

Это время показывает сколько _реально_ времени выполнялся запрос, включая ожидание блокировок, а не чистое время на запрос. Если залочить таблицу а в другом коннекте сделать update одной строки, он может и 100 лет выполняться, по этому счетчику

Для двух БД master-master самый лучший вариант который можно придумать. Коллизии возможны при любой синхронизации CAP-теорему никто не отменял. Коллизии надо либо решать, либо организовывать данные таким образом что бы их не было.
У меня 3 года уже работают два сервера в master-master — по первости были проблемы, постепенно все порешали. сейчас работает отлично.

Как вариант вместо update'a инсертить новую запись с неким полем = 1, и считать сумму по этому полю, ночью или когда загрузка маленькая, собирать все записи за день в одну установив в не поле = sum() схлапываемых ааписей.
Не знаю на сколько это эффективное решение, у меня один сервис так работает, с похожим функционалом. дедлоки ушли.