Как вариант вместо update'a инсертить новую запись с неким полем = 1, и считать сумму по этому полю, ночью или когда загрузка маленькая, собирать все записи за день в одну установив в не поле = sum() схлапываемых ааписей.
Не знаю на сколько это эффективное решение, у меня один сервис так работает, с похожим функционалом. дедлоки ушли.