Связанно это с тем что переносы строк были в Unix-формате, так как дело происходило под Windows.
Простые решения:
Очень просто конвертировать переносы строк в Windows-формат помогает текстовый редактор Notepad++: Правка→EOL конверсия→Преобразовать в WIN-формат.
Подробнее.
Вручную преобразовать символы перевода строки из виндовых в линуксовые, открыть файл, еще раз визуально все проконтролировать и сохранить.
Быстро заменить CRLF на LF можно утилитой dos2unix, входящей в MINGW, с которым поставляется git для win32:
dos2unix.exe -f -D *file*