Если вы занимаетесь только версткой, то знания jQuery достаточно, чтобы сдать свою работу. Дальше работой займутся JS-разработчики. Не выполняйте чужую работу ;-)

Если вы занимаетесь не только версткой.
В этом случае я бы советовал сразу использовать BackboneJS (или AngularJS/любой-хороший-фреймворк), поскольку любые попытки организовать jQuery-код оборачиваются созданием того же BackboneJS (по собственному опыту).
Проекты имеют свойство разрастаться, и использование хорошего фреймворка - это, пускай, медленный старт, но стабильно быстрая доработка/исправление.

Т.е. плагин вы уже установили.

Попробуйте перед открытием файла открыть директорию:

window.resolveLocalFileSystemURL(
  cordova.file.dataDirectory,
  function(dirResolved) { /* getFile и т.д. */ },
  function(err) { /* обработка ошибок */}
);

И работать с файлом относительно этой директории.

Другие возможные директории есть на гитхабе плагина.

Так же возможно потребуется изменить config.xml, см. Android/iOS/… Quirks по той же ссылке.

Боюсь, что никак :)

Можно всем этим элементам задать общий CSS-класс и использовать его.