Владимир Куц

while read line; do
   cat data.txt | grep $line | tr -s '\r\n' ' '
   echo
done<find.txt

выведет
000 001 000 002 000 005
003 004 003 001
000 001 003 001

ls -ARl $HOME | grep '^[-dbscpl]'

В вашем выражении '*' - означает "ноль или более" совпадений из скобочки - соотвественно под вашу регулярку подпадает практически вся выдача

Если правильно понял:

echo 'example:[123; 0.000; ""; "-"] example2:[456; 0.000; "";"-"] example3:[1hfgh; 0.000; ""; "-"] example:[123; 0.000; ""; "-"] example3:[2222; 0.000; ""; "-"]' \
| awk 'BEGIN{RS="]"} {print}' | grep example3 | grep  -o '\[.*' | sed 's/\[//'

1hfgh; 0.000; ""; "-"
2222; 0.000; ""; "-"

Как вариант простым однострочником на перле вполне ваша задача решается:

cat pro3.csv | perl -e 'while(<>){ @words=split(/,/, $_); {if(@words[1]=~/^\d{11}$/){ print $_; }}}' > proOUT.csv

Индекс у words[1] - номер столбца, в котором ищете 11-значное числовое значение, начиная с 0

Как вариант -регулярками вида:
'\."\w?"\.chr\(\d{1,3}\)\."\w?"'
или
'\."\w?"\."\w?"\."\w?"'
пробежаться