Добавьте к первой модели булевое поле, типа is_processed
Делайте выборку по нему .filter(is_processed=False), получая порцию данных, к примеру .first() или делая срез, и устанавливая флаг после обработки у обработанных инстансов.
Повторяете предыдущий шаг, пока не выставите все флаги.