Вы совершаете типичную ошибку новичка, вместо того чтобы учить спринг, начинаете задаваться вопросом-
"А что выгоднее <тут какой-то абстрактный вопрос, который нужно решать уже в боевом проекте>".
В целом это такой себе вариант проявления прокрастинации.
У вас сейчас есть дефицит памяти при деплое ? Если да, то докупите памяти, она стоит копейки или не запускайте много экземпляров приложения и продолжайте учить спринг.
Если нет, то продолжайте учить спринг.
PS Разница есть, и она в пользу одного Томката на несколько приложений. Но разница ничтожная. Использовать ембеддед контейнеры сервлетов выгоднее с точки зрения микро-сервисной архитектуры. Но вам это сейчас не нужно.
