Что бы модуль был автономен.
У вас неправильная постановка вопроса. Для того, чтобы модуль был автономен, ему не нужна папка с ассетами. Нужно только, чтобы он содержал все нужные ресурсы, а куда уже они будут публиковаться - это совершенно неважно для автономности.
Кроме того, совсем-совсем автономными модули в yii быть не могут, их в принципе нельзя использовать отдельно от родительского приложения, см. документацию
www.yiiframework.com/doc/guide/1.1/ru/basics.module :
Модуль — это самодостаточная программная единица, состоящая из моделей, представлений, контроллеров и иных компонентов. Во многом модуль схож с приложением. Основное различие заключается в том, что модуль не может использоваться сам по себе — только в составе приложения.
Делать директорию модуля доступной из веб - это не очень хорошо. Возможно вам надо не в сторону модулей посмотреть, а в сторону разбиения yii-приложения на несколько других приложений, например
habrahabr.ru/post/180679 или
habrahabr.ru/post/207454