Дописать ?r123 к примеру (подключается через registerPackage). Что как-то не очень удобно, если в проекте много стилей и скриптов.
Удобно. Можно автоматизировать даже.
Взглянул было на assetManager, но потом понял, что путь в итоге всегда один и тот-же, и это не поможет.
Нет
Изменил css/s/main.css, теперь надо очистить assets... и так каждый раз? как-то без этого можно?
Не совсем, по дефолту yii сам отслеживает, что файл был изменен и перезаливает его в asset в другую папку. Публиковаться скрипт будет теперь с новым путем. Ну а старый да, надо удалить руками. На девелоперской машине это не критично, а на продакшене можно автоматизировать при выкате обновлений.