С апворк не работал
когда-то пользовался этим https://team.megaindex.ru
у них есть программка для учета времени работы над задачей
скриншотит экран, при отсутствии активности перестает считать время, можно выставить почасовую ставку
У майл.ру есть утилита скриншотер, очень удобная, в отличии от предложенного выше shutter, сразу заливает скриншот на хостинг и выдает ссылку, есть удобные рисовалки стрелочек, рамочек, нумерации