Петровский

Тут дело не в git, а в том, как сайт разворачивается из git-репозитория на сервере. Таким образом, проблема не в PHPStorm. Вероятно, в репозитории используются хуки типа post-receive, или это реализовано как-то ещё.

Вам нужно отредактировать /etc/apt/sources.list, закомскнтировать упоминание диска, добавить нужные источники из интернета и выполнить apt update.

https://wiki.debian.org/SourcesList

В целом, чтобы с этим не возиться, лучше ставить Ubuntu