Для начала выяснить что именно тормозит - диски или сеть. Для этого во время отсутствия нагрузки запустить какой-нибудь бенчмарк, для диска (crystaldiskinfo) и для сети (iperf) по отдельности.
Если причина в сети, проверить, нет ли какой-либо особенной настройки на сетевом устройстве (в диспетчере устройств), например выбран 100мбитный режим работы (у меня такое очень редко случалось, скорее всего из-за какой-нибудь помехи, сетевая карта переключалась в режим пониженной скорости и назад не возвращалась, но ручная настройка возвращала все назад, или перезагрузка)
Если причина в дисках - начинать изучение с анализа SMART, затем проверить работоспособность порта контроллера (переключить диск в другой порт) и конечно сменить кабель SATA, они (а скорее всего разъемы) очень часто бывают причиной слабо объяснимых проблем с дисками.