Очевидное решение знаменитым "костылем": после сатрта выполните эти запросы, и кеш прогреется.
Но лучше найдите тонкое место, htop, iotop, scout_realtime вам в помощь - делайете тот самый медленный запрос - смотрите, что проседает из железа.
Вангую, что проседать будет жесткий диск
