fatrasie

основной момент: платежи от физ.лиц - только с ККТ. любые. хоть через оператора в банке, хоть с карты он-лайн, хоть наличкой - без разницы для закона.
поэтому удобнее работать только с юр.лицами через р/с.
либо подключаться к агрегатору типа робокассы - тогда они будут оформлять все обязательные по закону документы для плательщиков, а вы будете рассчитываться только с ними, как с юр.лицом.

Гуглу абсолютно без разницы, как вы регистрируетесь. Можете даже поменять в процессе, если зарегистрировали на компанию, а потом не можете вывести деньги, т.к. для компаний вывод возможен только на валютный счет. Для физ.лиц есть несколько вариантов вывода, хоть что-то можно выбрать подходящее.
А вот отношения с родным государством - это уже ваша головная боль. 100% законного и малозатратного алгоритма нет. Я, во всяком случае, так и не нашла.

По любому договору на оказание услуг с физ.лицом организация платит практически все налоги, как при найме. Разница в 2% в ФСС, т.к. больничные не предусмотрены в этом случае. Т.е. к сумме договора еще порядка 30% придется юр.лицу выложить.
И как уже упоминали в комментариях, длительный договор рано или поздно может заинтересовать на предмет скрытия фактически отношений найма. Штрафы и прочие неприятности.
Я бы тоже предпочла видеть в контрагентах ИП. Это проще и надежнее с многих точек зрения.