Если вы случайно закоммитили ненужный файл или папку в git-репозиторий и уже сделали push, то чтобы удалить все следы этого файла или папки в том числе и из истории, достаточно выполнить команду:

git filter-branch --tree-filter "rm -rf PATH" HEAD

где PATH - это относительный путь до файла или папки.
После этого выполните (чтобы перезаписать историю изменений):

git push origin master --force