не уверен, что правильно понял, но всё же. Мне кажется нужно сделать список структур что то вроде этого:

// если я правильно понял, что делает list <string>
struct s_list
{
    char *str;
    struct s_list *next;
    struct s_list *back;
};

если же просто нужно сделать 2 массива(хотя суть не сильно изменится), в startArr исходные данные, а в res отсортированные, то можно сделать как то так:(сортировку не стал писать)

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include <stdlib.h>

int		main(void)
{
	long lsize;
	char *startArr;
	size_t result;

	FILE *in_file = fopen("test.txt", "r");
	if (in_file == NULL)
	{
		printf("Error\n");
		return (1);
	}
	fseek(in_file, 0, SEEK_END);
	lsize = ftell(in_file);
	rewind(in_file);
	startArr = (char*)malloc(sizeof(char) *lsize);
	if (startArr == NULL)
	{
		printf("Error\n");
		return (2);
	}
	result = fread(startArr, 1, lsize, in_file);
	if (result != lsize)
	{
		printf("Error\n");
		return (3);
	}
	if (res == NULL)
	{
		printf("Error\n");
		return (2);
	}
	fclose(in_file);
	printf("%s\n", startArr);
	find_words(startArr);
        free(startArr);
	return (0);
}