попробуйте сделать общую среду хранения файлов и через нее переходите. Либо, например, сделайте синхронизацию со старого на новый сервер rsync'ом - у вас будет рабочий сервер и актуальная база почтовых ящиков, потом поменяйте записи в dns и все будет окей
