Нужно чистить информационный регистр InformationRegister_ОстаткиТоваров
Можно в конфигураторе запустить обработку, очищающую весь регистр. Но это можно делать только если мало движений по товарам. Если много, нужно дописывать обработку, очищающую склад с нулевым UID-ом, 00000-0000-0000-0000. Это произошло либо на старте, в момент оприходования товаров на склад организации Наша фирма. Когда у Наша фирма не было заполнено реквизитов, или при обновлении.
https://programmist1s.ru/ochistka-registra-svedeniy-1s/