Вам уже посоветовали R, но я бы не его рекомендовал. Дело в том, что как язык программирования он просто ужасен (его используют уже на разжеванных, готовых данных, всю логику по обрабтке логов лучше делать на python/java/etc), поэтому лучше сделайте так:
0) Для сложной аналитики возможностей GA может не хватить, в таком случае вы можете реализовать систему аналитики самостоятельно, но учтите что это довольно трудоемко. Готовых инструментов как таковых нет (если вам нужны возможности, большие чем GA), поэтому придется реализовать все самому.
1) Выработайте четкий план того, что именно вы хотите измерять. Понимаю, что без опыта это сделать сложно, но поверьте, лучше это сделать сейчас, чем через месяц, когда вы уже убили кучу времени на написание серверной логики по обработке статистики. Если для ваших задач хватает GA, используйте его и не парьтесь. Если нет, см. п. 2
2)Отбросьте все не нужное и мало значимое из п. 1. Оставьте только самое важное, что вам гарантированно пригодится.
3)Реализуйте это наипростейшим образом (но так, чтобы в ходе реализации вы бы создали инфраструктуру, позволяющую написать дополнительные метрики как можно быстрее).
4)Получите первые данные и попробуйте с уже имеющимися метриками решить задачу. К этому моменту вам станет ясно, каких метрик не хватает. Вернитесь к пункту 1.