Для работы на сервере нужен установленный nodejs и npm

Если проект в GIT то клонируете свой репозиторий в любой каталог (Лучше в /var/www/example_name_project/)
Если есть только файлы проекта то копируете их в любой каталог, какой именно я написал выше.
Далее в корне проекта запускаете npm install для установки всех библиотек описанных в package.json.
После установки всех библиотек старутете свой проект с помощью команды node start index.js
Лучше использовать библиотеку forever чтобы это все работало в фоне иначе при закрытии терминала ваш проект упадет.