Что такое "файл с защитой от sql-инъекций"? Это звучит как "я никогда не заражусь спидом, потому что когда я занимаюсь сексом, то в соседней комнате у меня специальная тумбочка с кучей презервативов". Презерватив надо использовать в процессе, а не держать в отдельной тумбочке. Только тогда он поможет.
"хотя это можно прописать и в .htaccess" - это совсем какой-то идиотизм, причем заведомо вредный
"Всё, начиная с php авторизации, защищено от прямого доступа" - это тоже, хотя просто бесполезный
".htaccess. На самом деле это очень полезный файл" - полезность файла .htaccess сильно преувеличена. Это скорее костыль для калек, которые не умеют настраивать систему правильно. Не говоря уже о том, что в современных веб-серверах такого файла вообще нет.
В целом, из того что описано, помимо нескольких бессмысленных телодвижений, проблемы я здесь вижу по трем пунктам
1. Какая-то странная "защита от инъекций", которая скорее всего ни от чего не защищает, а только портит данные
2. Большой вопрос, как именно "генерируется" код доступа.
3. Вообще не упомянута защита от XSS. Ну и CSRF если уж на то пошло
Плюс вероятные дыры в конкретной реализации, когда на словах вроде правильно, но в коде реализовано криво. Типа location в качестве защиты страниц от доступа. Ну и в целом надо код видеть. Может быть там какое-нибудь гениальное incude $_GET['page'];