Рекомендую задачник под редакцией Сканави. Там есть и разделение по уровням подготовки, и примеры использования методов решения, и все типовые вещи, которые встречаются на вступительных испытаниях.
Смотрите в сторону шифрования и системных утилит. Соответственно Java Crypto API если хочется контроля, либо, если будет использоваться professional редакция, можно использовать Cipher
Материала по этой теме много даже в пределах рунета. Но для начала желательно почитать про нормализацию и функциональные зависимости. Примеры хорошего проектирования можно подсмотреть в опенсорсных проектах, например, в багзилле.