Вы путаете кислое с горячим :) Без разницы где и что лежит, главное какие и у кого права на «это» :)
Если у вас есть права для всех пользователей на чтение файла /etc/apache2/apache2.conf, то он и будет читаться любым пользователем :) и причем тут вообще сайт?
Не хотите чтобы testuser читал /etc/apache2/apache2.conf снимите права и все :)