dd/Clonezilla поблочно не выйдет: диск размечен под 1 Тб, даже если занято 40 Гб.
Нормальный путь: vzdump всех VM и LXC на внешний диск (или GUI: Datacenter → Backup), потом ставишь Proxmox свежо на NVMe, восстанавливаешь через qmrestore / pct restore.
Старый диск до проверки не трогай — это rollback.
