Конечно же так делать не стоит (вручную заливать код на сервер). Лучше это делать с помощью git хотя бы. А вообще, если если сервер в вашей работе используется просто для тестов - то лучше локально установить виртуальную машину и проверять на ней. А на сервер уже деплоить какое то готовое решение. Так будет и дебажить удобнее.
