Если у вас не используется нетворк менеджер для поднятия сети, то можно прописать в конец /etc/network/interfaces
post-up iptables-restore < /etc/iptables.rules
Предварительно применив правила и сохранив их в этот самый файл iptables.rules коммандой $ iptables-save > /etc/iptables.rules
