попробуйте так "flower -A project --persistent=True --db=new.db" и посмотерть содержимое файла new.db (это python shelve). Так же по коду https://github.com/mher/flower/blob/a86bf0478f23f5... возможно вы "останавливаете" flower жестко (kill сигнал может быть) что он не успевает сохранить свое состояние
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.
т.е. да - нужно самому счетчики "восставливать"