Для таких операций существует sieve. Вам нужно подключить ее к софтине, отдающей по imap письма (скорее всего dovecot) и для каждого пользователя можно будет писать свой отдельный скриптик раскладывания писем. Причем скриптик можно будет создать прямо из почтового клиента. Thunderbird и claws-mail такое умеют, например.
