Как либо манипулировать с XML можно (и нужно) с помощью XSLT.
Вопрос не в этом, а в том, что вы полУчите в итоге. Какая
логическая суть будет у новых данных.
Допустим в новой схеме (привожу реальный пример DocBook разных версий):
<section>
<section><para></para></section>
</section>
А в старой:
<sect1>
<sect2><para></para></sect2>
</sect1>
Вы можете физически удалить все sect1 и sect2, но по сути вы потеряете данные документа.
Поэтому вопрос надо задавать не как удалить новые теги, а каким образом
логически правильно перестроить xml, не потеряв данные.