1. При тестировании несуществующего метода в symfony генерируется исключение, а это всегда дорого и медленно.
2. Когда тестировался существующий метод, то разница показала реальную производительность фреймворка. И разница в чуть менее в 2 раза не такая уж и большая.
3. Symfony используют не для выигрыша в производительности. Гораздо важнее тут скорость разработки и качество кода.

Ваш код не будет работать всегда предсказуемым образом. Основная проблема в том, что SELECT TOP без ORDER BY не гарантирует ни в коем случае одни и те же данные. Да, в вашем случае они скорее всего приходят в порядке из сохранения в кластерном индексе. Но если изменится индекс или добавится новый, то ваш код может перестать работать как ожидается.
Другая проблема в том, что несмотря на то, что подзапросы в WHERE одинаковые, они могут возвращать разные данные из-за первого UPDATE. Если у вас было 10 записей с REPLICATED =-10 (минус!), то до первого обновления подзапрос выдаст записи с 1 по 5, а после него с 6 по 10.
Совет: сохраните обновляемые ID в отдельную временную таблицу и присоединяйте ее для обновления.
Либо настройте внешние ключи и каскадное обновление.

select *
from table t1
where `id attrbute` = 1
and Значение = "Ель"
and exists (select * from table t2 
                 where t1.`id product` = t2.`id product` 
                    and  t2.`id attrbute` = 2 and t2.Значение = 200)
and exists (select * from table t3 
                  where t1.`id product` = t3.`id product` 
                      and t3.`id attrbute` = 3 and t3.Значение = 10)