Самый простой способ - используйте syncronized. А вообще монга внутри себя использует блокировку на документ при операциях изменения, так что заморачиваться не стоит.
Начните с изучения JSP + Tomcat. Напишите простейшее CRUD приложение с использование сервлетов и JDBC. Затем перейдите на JPA. Далее можно пробовать Spring
Первые версии клиента Dropbox были написаны на Python. Возможно Вам тоже подойдет, имеется много библиотек по написанию графического интерфейса, в том числе биндинги к Qt.
