Решил вопрос следующим образом:
Перезагружаем систему в safe-mode (при загрузки зажимаем левый shift и держим, пока не под яблоком не появиться линия загрузки). Загрузились и видим, что всё появилось. После чего просто грузитесь в обычном режиме.
p.s. разная чистка кеша не помогала