Посмотреть что покажет mysqltuner
Прочитать хорошую статью по тюнингу mysql
habrahabr.ru/post/159085
Проанализировать медленные запросы и расставить, если это необходимо индексы
Такого минимума зачастую хватает, чтобы не трогать особо саму структуру базы
