По мне, абсолютно не важно как вы храните данные... Фильтруйте входящие и перед отдачей юзеру и все будет нормально.
Да хоть ::B:: текст ::B:: , если вы эти данные сможете потом обработать, зачем извращаться...
Markdown, кстати, отнюдь не молод... 2004 год...