Дмитрий

Если устройство прокинуто в виртуалку, то оно обычно становится недоступным для хоста (исключения - это например сетевые адаптеры с поддержкой SR-IOV, которые можно разделить на несколько виртуальных устройств). Так что нужно убрать проброс в ВМ, тогда должна появиться возможность использовать USB-накопители в самом Proxmox обычным образом.

Вместо расширения существующего физического тома нужно создавать новый, добавить его в группу томов, поверх которой создан подлежащий расширению логический том, и после этого уже можно будет увеличивать размер логического тома и файловой системы на нем.
https://shurshun.ru/linux-rasshirenie-lvm-na-letu/

На "голом" iptables (и соответственно, в любом дистрибутиве Linux) задачу можно решить так:

modprobe nf_conntrack
iptables -A OUTPUT -s ip_сервера -m state --state established,related -j ACCEPT
iptables -A OUTPUT -s ip_сервера -m state --state new,invalid -j DROP

Первая команда подгружает модуль iptables, позволяющий отслеживающий состояние tcp-сосединений.
Вторая разрешает исходящий трафик от сервера для ранее установленных соединений, находящихся в таблице conntrack.
Третья отбрасывает пакеты, относящиеся к соединениям, инициируемым самим сервером.
Т.е. входящие соединения сервер продолжит принимать и отвечать на них, но лишится возможности устанавливать соединения сам.

Для верности после них еще можно дать команду очистки установленных соединений (пакет conntrack может быть не установлен по умолчанию)
conntrack -F
Но лучше конечно разобраться непосредственно с причиной появления трафика, нежели пытаться его блокировать.