Если конфиги виртуальных машин утеряны, но сами файлы или LVM-тома виртуальных дисков целы, то добавляете к новому Proxmox хранилища, где хранятся виртуальные диски, и создаете виртуалки без дисковых устройств с теми же номерами, что были до сбоя. Потом выполняете в консоли Proxmox команду "qm rescan" - она добавляет в конфиг виртуальных машин неиспользуемые диски с номерами, соотвествующими номерам виртуалок. Далее аттачите найденные виртуальные диски к виртуалкам. Все остальные параметры виртуалок - CPU, память, типы контроллеров SCSI, сетевые настройки - конечно придется восстанавливать руками.