Налицо проблема перестроения индекса.
Следующие операции делаем внутри одной сессии с mysql.
Mysql-клиент можно запустить внутри screen сессии, чтобы не бояться отвала терминала.
Сначала делаем так:
SET autocommit=0;
SET unique_checks=0;
SET foreign_key_checks=0;
Затем вставляем, используя вставку со множество значений
INSERT INTO yourtable VALUES (1,2), (5,5), ...;
Теперь необходимо закоммитить транзакцию
COMMIT;
И вернуть настройки назад.
SET unique_checks=1;
SET foreign_key_checks=1;
Еще рекомендуется установить (необходимо полностью остановить сервер и запустить заново после изменения my.cnf)
[mysqld]
innodb_read_io_threads = 64
innodb_write_io_threads = 64
innodb_io_capacity = 5000
innodb_autoinc_lock_mode =2
innodb_open_files=32768
