Оказывается, этому багу пошел третий десяток.
Для исправления проблемы нужно дописать пару строк в файл ~/.bashrc:
export GTK_OVERLAY_SCROLLING=0
export MOZ_USE_XINPUT2=0
После чего перезагрузиться.
Это исправило проблему со всплывающими подсказками (tooltips) в Firefox и Thunderbird.