На Windows все предельно ясно потому, что вы привыкли. "Ясно" - я так понимаю на диске D? Так сложилось исторически, так как Windows довольно часто приходится переустанавливать и чтобы не терять все наработки, придумали делить диск и хранить систему и данные отдельно. В Linux можно делать точно так же. macOS по своей структуре очень похожа с Linux. Я не разделяю систему и данные и не видел, чтобы так кто-то делал на macOS. Папку с проектами создал прямо в домашнем каталоге. С iCloud можете синхронизировать любую папку.
