Для плоского 2D и размера 5х5 например это могло бы выглядеть так:
YX| 0 1 2 3 4
--|-----------
0 | 0 1 0 0 1
1 | 1 1 0 1 1
2 | 1 0 1 1 0
3 | 0 1 1 0 0
4 | 0 0 1 0 0
Ячейки считать связанными, если не по диагонали, а точно сверху, снизу, справа или слева есть еще одна с 1. На примере выше две области связанны (нумерация слева направо и сверху вниз):
[(1,0), (0,1), (1,1), (0,2)],
[(4,0), (3,1), (4,1), (2,2), (3,2), (1,3), (2,3), (2,4)]
В 3D добавляется третье измерение, третья ось для поиска соседей, третья координата.
