mysql/innodb всегда кластеризована по первичному ключу. Т.е. данные физически упорядочены в порядке задаваемом первичным ключом. Собственно данные и лежат в листьях первичного ключа.
postgresql умеет команду
cluster которая одноразово переписывает таблицу в порядке указанного индекса (плюс внимание на блокировку таблицы на всё время перестроения). В дальнейшей работе пишущих запросов кластеризацию данных не поддерживает.
Имеет ли кластеризация смысл для вашей задачи - не уверен. Надо смотреть диски и объём горячих данных по отношению к буферной памяти.
А для графов вероятно лучше взять графовую, а не реляционную СУБД.
