Для себя нашел решение такое.. юзерам политикой распространил ярлык на веб-версию
https://web.skype.com/ru/.
Десктопную версию удалил.
Ответ майкрософта такой что нефиг пользоваться скайп для дома в организации, переходите на скайп для бизнеса и проблем с обновлением не будет
