Привет.
Самый простой способ защитить данные от просмотра при физическом доступе человека к флешке - зашифровать всю флешку используя
LUKS
https://wiki.archlinux.org/index.php/Dm-crypt_(%D0...
Ограничением станет то, что при каждом перезапуске компьютера придется вручную расшифровывать раздел с БД находящийся на флешке.
